中医治疗急性期以清热解毒、燥湿除疣为主；慢性反复发作的患者宜攻补结合，益气养阴、除湿解毒、活血散结。治疗时可适当加入抗病毒中草药，但是辨证论治仍是治疗大法。

湿热下注证：症见外生殖器或肛门等处出现疣状赘生物，色灰或褐或淡红，表面秽浊潮湿，触之出血；常伴口苦、口粘、口渴不喜饮水，大便粘滞不畅，小便黄。舌红苔黄腻，脉弦数。这是由于肝胆湿热下注，循经流注阴部所致。治疗宜清利湿热，解毒消疣，方选萆藓化毒汤加减：萆薜10克、苍术克、黄柏10克、生苡仁30克、土茯苓30克、丹契10克、通草10克、泽泻10克、马齿苋30克。如湿热重者，可加入龙胆草10克；大便不通者，可加入芦荟10克。

气虚血瘀证：见于皮损暗红或暗褐色，增长缓慢，经久不消，或有反复发作的患者。舌暗淡，一苔薄白，脉细涩。这是由于毒邪结聚日久，病久耗一伤正气，气虚无力推动，致气血瘀阻。治疗宜补气一舌血、化瘀散结，常用方为桃红四物汤加减：生黄芪30克、桃仁10克、红花10克、川芎10克、当归10克、丹参10克、蜂房10克、柴胡10克、夏枯草30克。疣体坚硬者，可加入生龙牡各30克以软坚散结。