生殖器疱疹在临床上容易合并播散性疱疹、疱疹性脑膜炎、前列腺炎、直肠炎、盆腔炎、脊髓神经根疾病等一系列并发症。在艾滋病流行的地区，该病还可增加艾滋病病毒感染的危险性。因为劳累，机体抵抗力急剧降低，诱发生殖器疱疹播散性疱疹、疱疹性脑膜炎引起死亡。

生殖器疱疹与宫颈癌发生关系密切，据研究，宫颈癌患者中hsv-2的抗体阳性率明显高于正常人群。可促进慢性疾病癌变。如肺癌手术后发现疱疹复发，反推过去为疱疹促使之形成。如果有其他疾病缠身如慢性活动性溃疡、结肠炎直肠炎、慢性乙肝丙肝，可能在生殖器疱疹的影响下并发肿瘤，如直肠癌、肝癌。

生殖器疱疹也可能是导致女性习惯性流产以及男性不育的重要因素。此外，生殖器疱疹诱发病毒性前列腺炎，临床经常看到；还可以合并难治性疱疹性尿道炎、难治性女性阴道炎与盆腔炎。