在一般的条件下，非淋菌性尿道炎的潜伏期是比较难以确定的，尤其是性伴侣较多或无症状病原体携带者。典型的症状是尿道刺痒、轻重不一的尿频、尿急、尿痛和排尿困难。尿道口有粘液性或脓性分泌物，症状较淋病为轻。

少量的分泌物，易见于较长时间不排尿或夜间没有排尿至晨起排尿前，有的表现为痂膜封口或见内裤有淡黄色污秽。自觉症状不明显或排尿时间间隔较短者，尿道分泌物易被尿液冲失。检查见尿道口轻度水肿或潮红、轻度外翻，有粘液或脓性分泌物。沿阴茎根部至尿道口方向挤压尿道，可挤出粘液或脓性分泌物，偶有轻微触痛。患者自觉排尿频繁、尿痛剧烈或排尿终末烧灼性疼痛。淋病后尿道炎常见，表现为淋病经系统规则治疗后，尿道炎症状和体征仍持续不退，或治愈后一段时间因酗酒、劳累、性生活过度等诱因出现上述症状和体征。

男性病人感染非淋菌性尿道炎之后，可以有1～2周的潜伏期。主要发生尿痛、尿道口痒或有烧灼感;尿道口会有少量稀啊的粘液或脓性分泌物，晨起也会有”糊口“现象，并可有轻度红肿。

多数女性感染上非淋菌性尿道炎的话，通常无明显症状，少部分人可有尿痛，尿频症状，宫颈糜烂、红肿，白带增多，阴道、外阴刺痒以及小腹不适感，有50%以上的人在被感染后不表现出任何症状，非常容易被漏诊，耽误病情。