非淋菌性尿道炎虽然症状较淋病轻，但危害并不比淋病轻。这样的疾病，会感染很多疾病，但是没有办法，许多人在患上非淋菌性尿道炎的同时，也感染了淋病、白色念珠菌病或其他疾病，这些病都会引发尿道炎的症状。如果只注意治疗非淋菌性尿道炎，而忽略其他疾病的存在，则症状也不会完全消失。因此一旦发现有混合感染，则需同时治疗，病情才会有好转。

由于症状较轻，很多患者失去了治疗的最佳时期，从而使治疗非常困难，本病尤其在女性中症状极其轻微，而女性感染者由于症状轻微往往不予治疗，增加了本病传播的机会。本病除引起尿道炎外，在女性约一半以上的患者有合并症，如子宫内膜炎、输卵管炎、宫外孕、不育症和流产。

起病初有尿痛、尿道不适、尿道发痒、烧灼感或刺疼、尿道红肿、尿道分泌物、稀薄等。随着病情的发展，上述症状将逐渐加重。处理不当或治疗不及时轻则病情反复，引起早泄、急性附睾炎、前列腺炎等疾病，重则直接导致男性不育。