非淋菌性尿道炎的潜伏期较淋病的长一些，平均约1～3周。它的典型表现为尿道炎的症状，尿道刺痒、灼痛，可伴轻重不同的尿急、尿痛、尿道红肿，尿道口有黏液性分泌物。患者长时间不排尿或晨起首次排尿时，可发现尿道分泌物结成的痂膜封住了尿道口，人们称之为“糊口”现象。

一般情况下，男性非淋菌性尿道炎患者的症状较女性更为明显些。但需要注意的是，由于许多非淋菌性尿道炎患者在感染初期，症状并不典型，甚至可以无症状，因此很难引起患者的高度重视或者在初诊时被医生漏诊。

虽然非淋菌性尿道炎本身的症状并不明显，但如果患者未能及时就诊，进行治疗，很容易造成比较严重的后遗症。在男性，可以引起附睾炎、睾丸炎、前列腺炎、精囊精索炎等，长期的慢性炎症刺激可以造成输精管管腔增厚、狭窄而致男性不育症。