女性非淋菌性尿道炎的特点是症状不明显或无任何症状。

当被感染引起尿道炎时，约有50％有尿频、尿道灼热感或排尿困难，尿道口可发现有少许浆液样或粘液脓性分泌物，但一般无尿痛或仅有轻微尿痛的症状。有时宫颈也有炎症或糜烂，宫颈分泌物中有多数分叶型白细胞(高倍镜下每视野超过10个)。检查时发现，宫颈水肿、糜烂，白带增多，所以经常造成外阴或阴道瘙痒。前庭大腺患病的女病人，前庭大腺肿大，局部红肿，也可能形成脓肿，需要切开引流。合并有输卵管炎、子宫内膜炎、盆腔炎的病人，会出现相应的症状。

本病可有症状或无症状，亚临床感染可持续存在多年。无论有症状还是无症状，其后果同样严重：除尿道炎、眼结膜炎外，可引起其他生殖器官炎症，如附睾炎、前列腺炎、输精管炎、宫颈炎、阴道炎、输卵管炎及盆腔炎等，最后导致不育症和异位妊娠，也可感染婴儿引起结膜炎和肺炎。男性同性恋者，可患直肠炎及咽炎。

常与淋病同时感染。前者先出现淋病症状，经抗淋病治疗后，淋球菌被青霉素杀死，而衣原体、支原体依然存在。在感染1-3周后发病。临床上很易被误认为淋病未治愈或复发。处理不当或治疗不及时可引起并发症(1%)。如急性附睾炎、前列腺炎、结肠炎、咽炎。女性宫颈炎、宫颈糜烂、前庭大腺炎、阴道炎、输卵管炎、盆腔炎、异位妊娠等。宫颈炎是最常见的合并症。合并宫颈炎者，近一半病人无症状。有症状者主要体征为宫颈管白带多，呈粘液脓性分泌物，充血和水肿也常发生。而宫颈炎不经治疗，30%～40％将上行发展成为子宫内膜炎，8%～10％发展成为输卵管炎，可导致慢性腹痛、盆腔炎、不育、宫外孕等。