应针对病原体治疗，如条件不允许，用广谱抗生素治疗。本病治疗时所需的疗程较长。
(一)治疗
1、目前对四环素、强力霉素、红霉素已有不少菌株产生耐药。新一代合成抗菌药喹诺酮类，不但对衣原体、支原体有效，对淋球菌也高度敏感。
(1)氟哌酸200mg，3/d 共用14d。
(2)氟嗪酸200mg，2/d共用14d.
(3)环丙氟哌酸250mg，2/d，共用14d。
2、磺胺、利福平对衣原体有效，对支原体无效。
3、庆大霉素、新霉素、多粘菌素对衣原体无效。
4、链霉素、壮观霉素对衣原体无效，对支原体有效。
5、四环素0.5g，4/d，共用7d，改0.25g，4/d，共用14d。
6、强力霉素0.1g，2/d，共用7d。
7、红霉素硬脂酸盐0.5g，4/d，共有7d。
8、红霉素琥珀酸乙酯0.8g，4/d，共用7d。
9、美满霉素0.2g即刻，0.1g，2/d，共用14d。
(二)判断治愈标准
治疗结束一周应随访复查。治愈标准：1、临床症状消失1周以上，尿道无分泌物，或分泌物中白红胞≤4个/100倍显微镜。
2、尿液澄清，沉渣镜检阴性。
3、尿道(宫颈)标本衣原体、支原体检查阴性(有条件时)。