根据生殖器疱疹是否第一次发病分为原发性生殖器疱疹和复发性生殖器疱疹。

(1)原发性生殖器疱疹：一般从感染到发病的潜伏期为2～7天。发病时及发病前期患者有头痛、肌痛、发热、无力等全身症状。同时在外阴部出现一个或多个红色小丘疹，瘙痒；继之丘疹迅速变成成群的小水泡，内含淡黄色渗液。3～5天后疱疹破溃，形成溃疡，并伴有剧烈疼痛，局部淋巴结肿大、压痛。女性皮损好发于阴唇、阴道和肛周。疱疹病毒如果感染阴道、宫颈，引起阴道炎、宫颈炎，会出现白带大量增多，阴道大量排液的症状，但宫颈和阴道发生泡状病损的情况较少。一般地，全身症状可持续5～7天，整个发病过程约6周左右。痊愈后仍存在复发的机会。
(2)复发性生殖器疱疹：单纯疱疹病毒Ⅱ型感染后引起的生殖器疱疹容易反复发作，复发率约为60%。疲劳、消化不良、行经、气候变化、情绪波动等都能成为诱发因素。一般在原发疱疹消退后1～4个月内发生，复发时多仍在原发部位，症状较轻，全身症状也较轻。发作前局部皮肤可有烧灼感、麻刺感或瘙痒等前驱症状。发病后病程较短，一般平均8天能痊愈。
无论原发还是复发的生殖器疱疹，都可以引起一些并发症，如病毒感染尿道和膀胱粘膜时会发生尿痛、尿频、排尿困难；累及直肠时可有肛门烧灼感，或伴有排脓及里急后重等症状；疱疹病毒还可以经血行播散，引起脑炎、脑膜炎。因单纯疱疹病毒Ⅱ型播散引起的中枢神经系统损害，多见于新生儿。
目前可以用于检查疱疹病毒的实验室方法有：取皮损处细胞涂片直接检测病毒抗原法及细胞学检查、病毒分离等多种方法。其中以取水泡底部标本进行组织培养分离病毒的方法最为敏感，特异性最好。