目前，通常被称为非淋菌性尿道炎的是指衣原体(占40%-50%)、支原体(占20%-30%)及一些尚不明致病病原体(占10―20%，如阴道毛滴虫，白色念珠菌和单纯疱疹病毒)的尿道炎。这类尿道炎中，已知其病原体的，则称为真菌性尿道炎和滴虫性尿道炎等，而不再包括在非淋菌性或非特异性尿道炎之内。 其主要病原体是沙眼衣原体和解脲支原体。前者占40%-60%，后者占20%-40%。根据许多国家报告，NGU中30%-50%，淋病病人中20%和性活动强但无尿道炎症状的人中0.5%，以目前常用的培养方法，尿道分泌物可培养出衣原体。女性病人因多数无症状或仅表现为白带增多等妇科症状，难以确定其发病率，有人估计女性病人可能为男性的4倍。 其他如阴道滴虫、单纯疱疹病毒和白色念珠菌等，可能是少数NGU的病原体。但目前一般都不将其作为非淋。