生殖器疱疹经过潜伏期后，男性好发于龟头、冠状沟、阴茎、尿道口、阴囊和大腿、臀部等处，女性好发于阴唇、子宫颈、外阴肛周等处，出现红斑伴群集瘙痒性丘疹并迅速变为水疱或脓疱。3~5天后破溃，形成糜烂或溃疡，而后结痂痊愈。自觉局部灼热感、瘙痒、疼痛明显，并可有排尿困难(常常并发膀胱炎)及步行困难，这是由于局部充血水肿所致。还会同时侵犯子宫颈，出现阴道分泌物增多或下腹痛，并可并发宫颈炎和子宫炎。也可累及直肠黏膜。常伴有淋巴结肿大、压痛，大多数男女患者双侧腹股沟淋巴结肿大。

此病女性多于男性，症状也较男性严重。在本病患者中约10％有咽炎，10％男性与26％女性的原发性生殖器疱疹患者同时伴有生殖器以外的病损，主要在口唇、手指、臀部、大腿、手臂等处，常见于生殖器出现疱疹后的第2周，大多是受感染的生殖器部位的病毒自身接种而致。