腹股沟肉芽肿的病原体是肉芽肿荚膜杆菌，该菌具有特殊的形态，当实验室检查到该菌时，有助于诊断。

(1)组织压印片检查镜检可在大单核细胞的胞浆中找到成簇的蓝色的别针样菌。
(2)病损组织液的涂片检查从病损处刮取组织液作涂片，如病损为肿块，应从肿块边缘刮取，如病损发展成为溃疡，应先清洗溃疡表面，然后刮取组织液作涂片。常用瑞特或姬姆萨染色，也可作革兰氏染色。在革兰氏染色中，本菌为革兰氏染色阴性的球杆菌，大小为1.5μm×0.7μm。有时可见菌体外包有荚膜，酷似别针。在瑞特染色中，菌体呈蓝色，荚膜呈红色。有时在大单核细胞内可发现有荚膜的菌体，呈圆形或卵圆形，直径为1～2μm，称为donovan小体。
(3)鸡胚接种将可疑的病损材料接种于已孵育7天的鸡胚绒毛尿囊膜内，经一段时间培养后取材置玻片上，在空气中干燥后染色镜检，寻找有无本菌。但本法易被污染，操作也烦琐。
(4)组织病理用he染色可见损害中心部表皮缺失，溃疡活动边缘表皮为假性上皮瘤样增生，真皮内可见组织细胞、单核细胞、浆细胞及少数淋巴细胞。用姬姆萨染色，可在肿大的组织细胞内见到多囊分隔空间，其中有1～20个donovan小体。