引起非淋菌性尿道炎的病原体较多。主要是由沙眼衣原体和脲素支原体引起。除上述二种病原体外，白色念珠菌、大肠杆菌、滴虫、单纯疱疹病毒等也可引起非淋菌性尿道炎。当两性进行接触时，病原体通过皮肤黏膜侵入健康人体内而感染发病。
卖淫、嫖娼、性放纵等性乱行为均是传播非淋菌性尿道炎的途径。卖淫嫖娼者染上性病后并不停止性乱活动，这就更加速了性病的传播。
除直接性接触外，健康人接触患者分泌物污染的用具、衣物以及共用浴池等也会受间接感染。
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