目前治疗生殖器疱疹的方法主要有：一般疗法、局部治疗、免疫治疗、药物治疗等四种，适合患者病情的才是最好的：
男性生殖器疱疹一般疗法：主要是以保持疱疹壁完整、清洁和干燥，以防继发细菌感染。当发现有并发细菌感染时，应使用敏感的抗生素，治疗期间一定要避免性接触。
男性生殖器疱疹局部治疗：通常用1：5000高锰酸钾坐浴，或浸洗患处;也可用3%的双氧水溶液，清洗患处;或用0.5%的阿糖胞苷溶液涂患处。
男性生殖器疱疹的免疫治疗：生殖器疱疹可使用转移因子、干扰素、胎盘球蛋白等，以提高机体免疫力。卡介苗、牛痘苗和小儿麻痹糖丸，也都可用作生殖器疱疹的免疫医治。
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